目前信用社內控制度或多或少都存在著一些問題，具體來說主要表現在以下五個方面：
（一）思想認識不到位。信用社的部分領導重業務輕管理的思想，對信用社內控機制的指導思想不明確，內控意識淡薄，對加強內控機制建設的重要性和重要作用認識膚淺，忽視了對員工的思想教育和職業道德教育，使少數員工的人生觀、道德觀、價值觀發生了偏向，員工盜用客戶資金、挪用庫款、以貸謀私等違規違紀案件時有發生，在一定程度上損害了信用社信譽和利益。
（二）規章制度不健全。按照內部控制的要求，各信用社應建立責任分明、平衡制約、制度健全、運作有序的內控機制。但實際工作中，還不同程度地存在著制度不健全，制度建設滯后的現象。主要表現在規章制度缺乏全面性、系統性和科學性，對一些業務經營存在監控盲區；有些規章制度已不適應業務發展需要，須重新修訂，加以完善；在新業務開發推廣或新的管理模式推行時，沒有及時制訂相應配套的規章制度，目前農村信用社在內控制度建設中重此輕彼，各取所需，缺乏系統性和前瞻性，影響了內控制度建設整體作用的發揮。制度未能覆蓋所有的重要業務流程和風險點，出現無章可循。
（三）制度執行不到位。農村信用社的內控制度，是長期以來人們在總結發展經驗和教訓的基礎上產生的，起了未雨綢繆、亡羊補牢的作用，在業務運作中必須嚴格執行。內控制度執行監督不力，責任難落實，處罰力度不夠。目前大部分農村信用社未執行事后監督制度，無監控設備，一人臨柜的現象時有發生，對內控制度執行的監督流于形式。一些檢查往往停留在對業務憑證的審查和賬務核對上，并且存在著重錄入輕審查、重憑證要素輕資金對轉關系、重賬表核對輕內部科目對應關系，不能進行全面的檢查和對風險的評估，造成內控制度執行中的深層次問題難以發現。
（四）檢查監督不到位。雖然現在大多數聯社都配備了專職稽核員，但還存在稽核檢查力量薄弱、功能不全、監控檢查不到位等問題，與業務發展要求不相適應。內部監督機制不完善。主要表現在隨著電子化建設步伐的加快，與之相應的計算機信息系統內部控制尚未建立，對計算機程序的設計、運行以及計算機數據流向過程沒有有效監督；由于稽查人員業務知識不全面，致使對計算機、國際業務、中間業務等方面失去有效監控；監察稽查以事后監督為主，往往是亡羊補牢，事后補救，缺少事前、事中的監督；職能部門對各項規章制度的執行情況督促檢查不力，無法達到內部制衡的目的。
（五）缺乏內控激勵機制。 即使有些地方規章制度健全，執行力度到位，但管理監控性、強制性、約束性的多，缺乏激勵性的內控機制。在出資者經營者關系中，要強化激勵與約束，就必須對經營者實現責任（利益）的貨幣化和契約化（法律化），但現實中信用社主任及經營管理層的報酬非貨幣化和責任非契約化十分明顯，出了事故、風險，可以按規定扣工資獎金和無限賠付，但做出業績、做大規模卻不能隨之增加收入，沒有引進股份制商業銀行的業績工資制，因而不能調動經營管理者的積極性和創造性。
