一、案例：一個老高新技術企業的稅率大躍進
北京HBCC公司，成立于2003年9月2日，注冊于北京市中關村科技園區豐臺園。
依據《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法實施細則》第七十五條第一款第六項，以及《國務院關于〈北京市新技術產業開發試驗區暫行條例〉的批復》（國函[1988]74號）的規定，試驗區內的新技術企業自開辦之日起，三年內免征所得稅，經北京市人民政府指定的部門批準，第四至六年可按15%或10%的稅率，減半征收所得稅，試驗區設立的外商投資企業，符合新技術企業標準的，適用以上稅收優惠。這里的新技術企業在實踐中已經演變為高新技術企業。《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發[2007]39號）規定，新企業所得稅法及其實施條例施行后，上述“三免三減半優惠政策”列入過渡優惠，2007年3月16日以前成立的老企業可以執行上述優惠到期滿。
按照主管稅務機關批復，在2004至2006年度，HBCC公司享受免稅政策（三免期間），2007至2009年度可申請辦理減半征收企業所得稅的手續（三減半期間），減半征收的優惠手續已辦妥。在此期間，HBCC公司順利通過了歷次高新技術企業年審，最后一次換取高新技術企業證書是2007年上半年，有效期為二年。2008年下半年，北京市要求園區內所有高新技術企業需按照新企業所得稅法的要求重新認定。HBCC公司不在新稅法規定的國家重點扶持的高新技術領域范圍內，因此沒有參加認定。
2009年2月當地召開所得稅匯算清繳會議時，稅務機關明確，HBCC公司的高新技術企業證書2009年上半年才到期，2008年全年尚處在證書有效期內，因此2008年可以按照過渡優惠政策的要求，在原國函[1988]74號規定的15%稅率的基礎上減半征收，實際稅率是7.5%。2009年4月，稅務機關給HBCC公司發來減免稅備案登記書，該登記書要求公司在享受減免稅的期限內按規定期限進行納稅申報，對其已備案的減免稅事項，稅務機關保留檢查權。2009年5月，公司到稅務部門遞交2008年度所得稅匯算清繳有關報表時，稅務專管員卻說該公司減免稅備案登記書已經作廢，理由是該公司未在2008年12月31日前重新認定高新技術企業，按最新發布的國稅函[2009]203號文件的規定，應按25%稅率全額繳納企業所得稅。從7.5%到25%，HBCC公司經歷了一次刻骨銘心又措手不及的稅率大躍進！
二、待遇：高新技術企業可以享受三類企業所得稅優惠
欲厘清上述案例的是是非非，必須先對與高新技術企業有關的企業所得稅優惠政策做一個梳理。按照企業所得稅法及其實施條例等的有關規定，與高新技術企業屬性有關的企業所得稅優惠主要有三種：
第一種：企業所得稅過渡優惠政策。依據是前面提到的國發[2007]39號文件。該文件規定，2007年3月16日以前成立的老高新技術企業可以享受兩類過渡優惠。一類是和HBCC公司類似的北京市新技術產業開發試驗區（中關村科技園區）企業的“三免三減半”過渡優惠可以繼續執行至期滿；另一類是根據《國務院關于實施〈國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006-2020年）若干配套政策的通知〉》（國發[2006]6號），在國家高新技術產業開發區內新創辦的高新技術企業經嚴格認定后，自獲利年度起兩年內免征所得稅。這類高新技術企業如果成立于2007年3月16日之前，也可以享受過渡優惠至期滿。這兩類高新技術企業都是形成于2008年1月1日新的高新認定標準執行之前，為保持政策的連續性，對其原有身份在有效期內繼續認可，允許其享受優惠到期滿。因此，企業能否享受原有優惠與其是否通過新的高新標準認定沒有關系。
第二種：高新技術企業15%的低稅率優惠。符合企業所得稅法實施條例第九十三條規定的條件，依據科技部、財政部、國家稅務總局聯合發布的《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火[2008]172號）文件，經認定的高新技術企業可以適用15%的高新技術企業優惠稅率。2008年以前已經認定為高新技術企業的納稅人，必須依據國科發火[2008]172號重新認定才可以享受此項優惠。
第三種：過渡性稅收優惠。《國務院關于經濟特區和上海浦東新區新設立高新技術企業實行過渡性稅收優惠的通知》（國發[2007]40號）規定，對深圳、珠海、汕頭、廈門、海南經濟特區和上海浦東新區內在2008年1月1日（含）之后完成登記注冊的國家需要重點扶持的高新技術企業（以下簡稱新設高新技術企業），在經濟特區和上海浦東新區內取得的所得，自取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第二年免征企業所得稅，第三年至第五年按照25%的法定稅率減半征收企業所得稅。該類過渡性稅收優惠僅適用于上述“5+1”特定地區，與北京中關村科技園區沒有關系。
第三種優惠和第二種優惠的共同之處在于，都是只適用于依據新稅法進行認定的高新技術企業。第三種優惠與第一種優惠雖然都具有過渡色彩，但卻有本質區別。第一種優惠適用于新所得稅法公布前設立的老高新技術企業，第三種優惠適用于新所得稅法實施后成立的新高新技術企業。HBCC公司享受的是第一種優惠，不是第二種優惠，更不可能是第三種優惠。
三、爭議：享受第一種優惠的高新技術企業到底要不要重新認定？
國稅函[2009]203號文件的全稱是《國家稅務總局關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知》，該文件第四條要求，“認定（復審）合格的高新技術企業，自認定（復審）批準的有效期當年開始，可申請享受企業所得稅優惠。企業取得省、自治區、直轄市、計劃單列市高新技術企業認定管理機構頒發的高新技術企業證書后，可持高新技術企業證書及其復印件和有關資料，向主管稅務機關申請辦理減免稅手續。手續辦理完畢后，高新技術企業可按15%的稅率進行所得稅預繳申報或享受過渡性稅收優惠。”從表面上來看，對HBCC公司最具“殺傷力”的就是這條規定。按照HBCC公司稅收專管員的解釋，HBCC公司只有按照該條規定，取得新的“高新技術企業證書”才可以繼續享受尚未期滿的過渡性優惠。但筆者認為，該文件第四條強調的經過認定才可以享受的明顯是本文討論的第二種“15%的優惠稅率”和第三種“過渡性稅收優惠”，而絕不是國發[2007]39號文件規定的“企業所得稅過渡優惠政策”，顯然，第二種優惠和第三種優惠與HBCC公司根本就沒有關系，HBCC公司根本不會也不應該受到國稅函[2009]203號第四條的約束。
可能會有人提出質疑，國稅函[2009]203號第二條規定，“原依法享受企業所得稅定期減免稅優惠尚未期滿同時符合本通知第一條規定條件的高新技術企業，根據《高新技術企業認定管理辦法》以及《科學技術部財政部國家稅務總局關于印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火[2008]362號）的相關規定，在按照新標準取得認定機構頒發的高新技術企業資格證書之后，可以在2008年1月1日后，享受對尚未到期的定期減免稅優惠執行到期滿的過渡政策。”筆者認為，這個規定其實是指“原依法享受企業所得稅定期減免稅優惠尚未期滿”的那部分納稅人如果通過了新稅法下的高新技術企業認定，不一定非得享受15%的優惠稅率，而是仍可以繼續享受原企業所得稅定期減免稅優惠至期滿，因為享受這部分優惠比高新技術企業的15%優惠稅率要劃算，所以并不會因為獲得了新的高新技術企業認定就剝奪了這部分納稅人享受原有優惠的機會，也絕不是要求這些企業必須獲得高新認定后才可以繼續享受原企業所得稅定期減免稅優惠。
同樣的道理，國稅函[2009]203號第三條還規定，“2006年1月1日至2007年3月16日期間成立，截止到2007年年底仍未獲利（彌補完以前年度虧損后應納稅所得額為零）的高新技術企業，根據《高新技術企業認定管理辦法》以及《高新技術企業認定管理工作指引》的相關規定，按照新標準取得認定機構頒發的高新技術企業證書后，可依據企業所得稅法第五十七條的規定，免稅期限自2008年1月1日起計算。”對該條規定，也不可誤解為這些老高新技術企業必須依據新稅法認定后才可以享受原過渡優惠政策，該規定是指這些老高新企業如果獲得了新稅法下的高新技術企業資格，也不必非得按照新稅法享受15%的優惠稅率，而依然可以選擇適用對自身更有利的原過渡優惠政策（兩年免稅）。
國稅函[2009]203號第二條、第三條之所以要做出上述規定，是因為這兩條對應的是本文總結歸納的第一種優惠即“企業所得稅過渡優惠政策”，而這種優惠與新企業所得稅法下的“高新技術企業15%的優惠稅率”存在一定交叉，應當允許企業自行選擇對自身最有利的優惠政策。
上述分析充分說明，按照國發[2007]39號文享受企業所得稅過渡優惠政策的高新技術企業根本不需要重新認定即可在其高新技術企業資格證書有效期內享受過渡優惠政策至期滿。HBCC公司的原高新資格證書在2008年度是有效的，2009年6月才告失效，因此，HBCC公司可以于2008年度享受原過渡優惠政策，2009年度無法享受該優惠。
據筆者了解的情況，HBCC公司已經按照25%的稅率完成了2008年度企業所得稅匯算清繳，但是爭議卻一直沒有停止，和HBCC公司有類似遭遇的企業在北京市中關村科技園區還有許多。HBCC公司已經依法向國家稅務總局申請信息公開，以明確有關政策適用問題。
