行政事業單位內部控制是指主要通過會計工作和利用會計信息對行政事業單位各項活動所進行的指導、調節、約束和促進等活動，以提高行政事業單位的工作效率和社會效率。
1從總體上看各行政事業單位有相應的內部控制制度來堵住漏洞，防范風險。但在實際操作執行中由于控制環境難盡人意，政府預算約束弱化，并且缺乏嚴密的內部財務控制體系等原因，導致大多行政事業單位內部控制作用不明顯，在內部控制建設的進程上叁差不齊，對會計內控的認識度和執行度也遠遠落后于企業，很少有行政事業單位花大力去設計一套系統完整、規范合理的內部控制制度體系。存在的問題有：
思想認識不到位，缺乏內部控制理念。大部分行政事業單位對財務管理的重視程度不夠。在實際工作中，一些行政事業單位的財務由領導說的算，財務部門僅僅充當出納員的角色，只負者日常帳務處理，沒有真正發揮理財的作用，資金管理憑領導個人意圖操作。對會計內部控制單位領導及其財務部門不了解不重視，認為行政事業單位的資金主要來源于財政預算安排，有多少錢辦多少事，只要按規定編好預算、取得資金和使用資金便可以了，而忽視加強對單位財務會計的內部管理。
內控制度不健全。內控制度的核心是行之有效的組織、分工、程序、方法、標準、守則和規程，但很多部門尚未制定系統規范的財務管理和會計內控制度，包括經費開支標準，業務流程等，在實際操作中僅憑經驗、慣例、或者是按口頭不成文的規定辦事，管理的隨意性較大。有的單位雖然有比較完善的內控制度，但是流于形式，更多的是有章不循，有律不依將已訂立的制度掛在墻上，變成應付檢查的條文，未能發揮其有效作。
內控制度執行比較困難。如有的單位領導凌駕于內部控制制度之上，自己都不遵守制度，經常使用外例原則，使內部控制制度的信任度和威懾力下降，單位其他人員也不重視;又如有的制度執行人員素質不高，能力不強，執行力度有限，造成內部控制失控;還有一種更可怕的現象，就是許多重大事項的決策與執行程序有一定的隨意性，部門預算在實際執行中約束不夠，存在重大無標準、決策無名主現象，導致內部控制制度根本無法執行。
人員配備崗位分工不合規定。按《會計法》規定，從事會計工作的人員，必須取得會計從業資格證書；擔任單位會計機構負責人（會計主管人員）的，除取得會計從業資格證書外，還應當具備會計師以上專業技術職務資格或者從事會計工作三年以上經歷。但是個別行政事業單位的會計人員或其會計主管連會計從業資格證書都沒有取得。會計人員業務素質較低，缺乏對違法違紀行為的辨別和拒絕能力，在執行會計制度、法規的過程中很容易出現偏差和錯誤，從而造成不應有的損失。一些單位沒有按照會計內控的基本要求實行不相容職務的分設，造成職責不清，甚至出現會計、出納工作由同一個人擔任的現象，一旦出現問題，難以追究責任。
因此，必須有一套完善的內部控制制度來控制基礎建設中的問題進行有效的外部監督制約機制提高單位依法理財、規范管理的自覺性，發揮內部控制的效用。
2 完善內部控制制度的建議
建立良好的內部控制環境。任何單位的控制活動都存在于一定的控制環境之中，控制環境的好壞，直接影響到單位內部控制的遵循和執行，以及奮斗目標、整體戰略目標的實現。因此，管理人員必須樹立現代管理觀念，設立并遵守內控制度。同時設立合理組織機構，確認相關的管理職能和報告關系，為每個組織劃分責任權限，明確建立授權和分配責任的方法，因事設人、視能授權、責任到位、且責任與權利對等，以增強組織的控制意識。只有建立良好的內部控制環境，才能保證制度的真正落實，才能真正達到內部控制的目的。 切實加強各級管理人員的業務素質與道德素質。內部控制制度是否有效，人的道德素質與自律是關鍵。要通過對具體工作人員及財會人員的業務與道德的繼續強化教育，提高他們的業務水平及綜合道德素質。內部控制制度的核心是會計控制，財務人員的道德水準、法制觀念和業務水平的高低是內部控制制度執行強弱的關鍵。建立一支高素質的財會隊伍是內部控制制度執行有效保證。更是有效實施內部控制制度組織保證。各環節管理人員素質普遍提高了，就等于各環節的控制與監督體系完善了，變被動監督為主動自律的良性企業環境。
建立和健全內部控制制度。各單位應當建立、健全本單位內部會計監督制度，并具體要求記帳人員與經濟業務事項和會計事項的審計人員、經辦人員、財務保管人員的職責權限應當明確，并相互分離、相互制約;重大對外投資、資產調度和其他重要經濟業務事項的決策和執行的相互監督，相互制約程序應當明確；財產清查的范圍、期限和組織程序應當明確；對會計資料定期進行內部審計的辦法和程序應當明確。各單位還應該建立單位內部稽核制度、內部牽制制度、內部審計制度。
內部會計控制電算化與內部信息化控制。對于現代事業單位而言，有效的內部會計控制方法是建立內部管理資源的電算化與信息化管理，它是有效遏制事業單位部門之間扯皮、本位主義、小團體利益、弄虛作假的現代化管理手段，由于它是事業單位內部的資源共享，它可以幫助監督部門隨時掌握事業單位內部資金和物質及工作狀況的真實情況。對于事業單位范圍內的內部控制，就必須完善事業單位相關的管理制度，規范事業單位內部管理體系，依據會計電算化的特點，制定崗位責任管理、監控與操作的分離的行之有效的實施系統內部控制與有效牽制。
強化內部控制制度的事后控制力度。目前事業單位內部控制的措施主要包括不相容職務分離控制、會計系統控制、預算控制、財產保全控制、內部報告控制等，這些內控制度的方法似乎都側重于事前和事中控制，而對問題出現后的處理很少涉及。一個有效的內部控制制度應該是全過程的。事前控制的目的在于作出正確的決策，制定切實可行的目標：事中的控制則是讓單位活動按照一定的決策方向、目標運行；而事后控制則應側重于分析結果形成的原因，考核并作出相應的調整，從而為管理者提供制定未來計劃標準的依據。因此，必須加強事后控制，使單位及時、順利克服各種困難，解決問題、渡過難關，以實現單位的最終目標。
內部會計控制的監督檢查。內部會計控制有內部形式和外部形式，其內部形式是通過會計核算監督和制度監督實現；而外部形式則表現為社會形式和政府形式，它是對內部會計控制進行再控制、在監督。單位內部控制制度一般不具有法律的規范性和強制性，其設計和執行的有效性，更多地依賴內部控制環境。這就要求有健全的內部會計控制監督檢查系統。
總之，內部控制是衡量一個單位管理的重要標志，是一個單位管理的重要手段。有控則強、失控則弱、無控則亂。建立一套符合事業單位實際，科學、有效的會計控制制度，對事業單位的管理和發展是非常重要的。
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