藥品銷售公司的涉稅風險主要存在于“進口”(上游)和“出口”(下游)兩個環節，面對上游“進口”環節涉及增值稅，面對下游“出口”環節涉及企業所得稅和個人所得稅，而且都不是個小數。分述如下：
(1)對上游要求生產企業高開增值稅發票偷逃增值稅
這多是無關聯的“中間商”所為，目的是虛增增值稅的進項稅額，加大抵扣，偷逃因藥品數倍加價帶來的高額增值稅。其基本操作是這樣的：醫藥生產企業，把產品賣給“中間商”公司，“中間商”公司結賬時就要求醫藥生產企業高開增值稅發票，比方說把10萬元的藥品開成18萬元，否則，結賬就難了。醫藥生產企業得罪不起“中間商”公司，也只好言聽計從，按要求開出18萬元的發票，到“中間商”公司結賬。超過實際交易額的8萬元，有兩種處理方式：一是“中間商”公司就按實際交易額10萬元付款。這樣，醫藥生產企業的賬面就掛上了8萬元的應收賬款，并且永遠收不回來，也不可能收回來，因為這筆賬“名存實亡”；同時，醫藥生產企業還要按18萬元收入繳納增值稅和企業所得稅。二是“中間商”公司按發票額18萬元付款，多付的8萬元讓醫藥生產企業從其他渠道返回去。這樣，醫藥生產企業仍要按18萬元繳納增值稅和企業所得稅，同時還要承擔串8萬元現金出來的“任務”和風險。
因為藥品的差價主要體現在中間環節，由此帶來的增值稅也比較大，為了逃避這個環節的稅收，一些“子弟兵”公司也存在讓上游“高開發票”的行為，目的是把稅款轉嫁到藥品生產企業，生產企業如何“消化”，那就“八仙過海、各顯神通”了。
(2)對下游要動用大量現金且偷逃企業所得稅和個人所得稅
藥品銷售公司對下游的回扣已是不爭的事實，由于有的回扣高達百分之三、四十甚至五十，并且需要“真金白銀”，這就需要大量的現鈔(現金的狹義概念)，而且還得是“稅后”的(個人所得稅稅后)。這就有三個問題需要解決：一是大量的現鈔從哪里來?二是個人所得稅如何繳納?三是如何把回扣作為費用“合規”地在稅前列支。這三個問題其實可以合并成一個問題：如何“串現”——弄到足夠的現鈔!只要弄到現鈔，從桌子底下塞過去，就不存在什么個人所得稅了；只要拿到發票，作為費用入賬，企業所得稅也就偷逃了。
一些藥品銷售公司“串現”的方法基本有二：一是“找票”，找些發票來沖賬，把現鈔弄出來(前幾年就聽說一些醫藥企業“找票”都找到青藏高原去了，真擔心他們把那片天空污染了)，甚至買一些假發票沖賬——這就偷逃了企業所得稅；但隨著監管的完善和打擊力度的加強，“找票”市場出現“僧多粥少”的現象，且風險加大，他們在實踐活動中又探尋出第二種方法——“開票”，即通過“正規”手續(比如簽訂咨詢合同等)，多以咨詢費等名義(不能是買東西，不然在會計處理上會增加資產)把錢匯到一些咨詢公司，咨詢公司扣除幾個點的稅費后，把現鈔提出來返回藥品銷售公司——咨詢公司開給藥品銷售公司的咨詢發票記入稅前，也偷逃了企業所得稅；有些規模的醫藥企業干脆自己成立眾多小公司(表面上一定與自己無關聯)，承擔“串現”任務，來滿足回扣的需求；為了“防范風險”，這些小公司“串現”額大到一定程度(連他們自己也擔心害怕了)，就自動消亡，他們再注冊另一個小公司“接班”。這其中的風險已經超越了稅法的范圍(參見《中華人民共和國刑法》第三章)。
二、藥品銷售公司的涉稅風險控制建議和節稅籌劃思路
藥品銷售公司存在的問題主要是由于我國醫藥市場的特征和競爭的不規則性所導致的。要完全解決之，前提是徹底解決醫藥市場不規范的問題，但這不可能在短時期內完成。所以藥品銷售公司目前要做的是：如何在不規則的醫藥市場中生存、發展和壯大，同時又要防范醫藥行業比較突出的稅務風險。
我們對藥品銷售公司的基本建議是：自己少賺點，“破財免災”，偷逃稅款不能太過了，不然早晚會出事；同時要通過合法的途徑來減輕稅負——針對增值稅和企業所得稅的具體節稅建議如下：
(1)對于增值稅，節稅要從兩個方面入手，一是充分利用減免稅政策，二是取得合法的扣稅憑證以獲得稅款抵扣。
利用減免稅政策進行節稅籌劃，完全符合稅法的立法精神和政府的意圖。但是，增值稅的優惠政策導向比較明確，一般公司很難符合條件。在藥品市場，只有計劃生育藥品和用具以及艾滋病藥品等減免增值稅，一般企業“夠不著”，所以，還要把節稅重點放在進、銷項稅金上。
在“進口”一定要取得合法的扣稅憑證，尤其是在不被一般企業注意的購買公用汽油、購買辦公用品等方面，這些日常采購也要取得增值稅專用發票，增加抵扣。公司要在全體員工中普及索取進項發票的意識——只要是買東西，就要求對方開具增值稅專用發票。增加了進項稅金，公司就能在一定程度上減輕增值稅稅負。
在“出口”方面，要比較“直接對醫院銷售”和“通過藥店銷售”的風險，在同等條件下，要選擇連鎖店作為銷售渠道(可能不需要動用大量現鈔)；在銷售確認方面要靈活采取不同的銷售方式，醫院回款期若有幾個月，可采取分期收款的方式；藥店有押批現象，也可統一按分期收款方式處理。這樣可以遞延稅款，在一定程度上減輕現金流的壓力。
若面向農村市場，也可以考慮其他銷售渠道，比如委托基層供銷社(享受稅收優惠政策較多)來銷售產品，減輕稅負。
(2)在企業所得稅方面，總體節稅思路首先要考慮如何充分利用國家的稅收優惠政策上——比如從納稅人身份、設立地點、投資方向、新產品優惠等方面考慮國家給予的稅收優惠政策，決定公司(尤其是成立新公司)行為。
其次要考慮公司的人員結構。我國稅法鼓勵公司接收、安置一定比例的特定人員——比如轉業軍人等，可以在一定程度上減免稅費，要注意這些條文的應用(先把職工弄下崗，再聘任上崗等濫用優惠政策的做法不可取)。
第三要注意稅收臨界點。稅法規定：年度應納稅所得額不超過30萬元，從業人數不超過80人，資產總額不超過1000萬元，為小型微利企業，可以按20％的稅率計算繳納企業所得稅；財稅[2009]133號《關于小型微利企業有關企業所得稅政策的通知》規定：自2010年1月1日至2010年12月31日，對年應納稅所得額低于3萬元(含3萬元)的小型微利企業，其所得減按50％計入應納稅所得額，按20％的稅率繳納企業所得稅。這又降低了一半。若藥品銷售公司規模較小，一定要注意這個條款，爭取享受10％的企業所得稅稅率。
另外，在收支方面，要注意收入確認的時點并選擇正確的計量方法——比如分期收款方法的應用；對支付的勞務費，扣除個人所得稅即可合法入賬——比如外聘專家的勞務費，扣除并繳納個人所得稅后支付，記入大賬，就符合稅法精神了(在其他稅種方面，可以參見我們在《財會學習》介紹的相關節稅方法)。
要減少涉稅風險，必須拿出“成本”，這一點藥品銷售公司以及其他醫藥企業是一定要想明白的。國家的各行各業都在治理過程中(這也是歷史發展的必然趨勢)，也肯定會有一些“過分”的企業被“逮住”——到那時可就什么都晚了或完了。
