一、營業稅
納稅人在中華人民共和國境內提供《中華人民共和國營業稅暫行條例》規定的應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產的，為營業稅的納稅人，應當按照營業額和規定的稅率計算繳納營業稅。
醫院、診所和其他醫療機構提供的醫療服務，免征營業稅。醫院、診所和其他醫療機構提供的其他勞務如出租設備、房產、土地，轉讓無形資產、銷售不動產等依法應當繳納營業稅。
二、房產稅、土地使用稅
（一）自用房產、土地
1、非營利性醫療機構自用的房產、土地，免征房產稅、城鎮土地使用稅。
2、營利性醫療機構取得的收入，直接用于改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，三年內給予下列優惠：對營利性醫療機構自用的房產、土地免征房產稅、城鎮土地使用稅。三年免稅期滿后恢復征稅。
（二）出租房產、土地
醫院、診所和其他醫療機構出租的房產、土地，應依法繳納房產稅、城鎮土地使用稅。以房產租金收入為房產稅的計稅依據，稅率為12％。土地使用稅以納稅人實際占用的土地面積為計稅依據，依照規定稅額計算征收。其實際占用土地的面積，按土地使用證書確認的土地面積計算。
案例：某營利性醫院05年成立，其醫療服務收入已用于改善醫療衛生條件，自有房產原值8000萬元。2009年將部分房產用于出租，房產原值900萬元，取得租金收入80萬元。該醫療機構09年如何繳納房產稅？
分析：營利性醫療機構取得的收入，直接用于改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內可以免征房產稅。09年該醫療機構免稅期已滿，應按規定征收房產稅。
自用房產應納房產稅額=（8000-900）×（1-30%）×1.2%=59.64萬元
出租房產應納房產稅額=80×12%=9.6萬元
三、車船稅
根據《中華人民共和國車船稅暫行條例》及《江蘇省〈中華人民共和國車船稅暫行條例〉實施辦法》，在我省境內，除依照《條例》規定免征車船稅的納稅人外，都應當依照規定繳納車船稅。所以，自2007年度起，醫療機構自用車船不再享受免征車船稅政策。
《車船稅暫行條例》規定的免稅車船如下：
（一）非機動車船（不包括非機動駁船）；
（二）拖拉機；
（三）捕撈、養殖漁船；
（四）軍隊、武警專用的車船；
（五）警用車船；
（六）按照有關規定已經繳納船舶噸稅的船舶；
（七）依照我國有關法律和我國締結或者參加的國際條約的規定應當予以免稅的外國駐華使館、領事館和國際組織駐華機構及其有關人員的車船。
四、企業所得稅
凡經國家有關部門批準、依法注冊、登記的具有獨立法人資格的醫療機構，其取得的生產經營所得和其他所得，應當征收企業所得稅。醫療衛生機構的收入，除國務院或財政部、國家稅務總局規定免征企業所得稅的項目外，其他一切收入都應并入其應納稅收入總額，依法計征企業所得稅。
醫療機構取得的應納稅收入總額（包括租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等非醫療服務收入），減去稅收政策規定允許扣除的與取得收入有關的成本、費用、損失后的余額，為應納稅所得額。對取得應納稅收入有關的成本、費用、損失與免納稅收入有關的成本、費用、損失應分別核算。確實難以劃分清楚的，可由主管稅務機關采取分攤比例法或其他合理的方法確定。確實無法查賬的，可以實行核定征收方式。
免征企業所得稅的項目如下：
1、取得的符合《財政部 國家稅務總局關于財政性資金 行政事業性收費 政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）和《財政部 國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》（財稅[2009]87號）規定的財政性資金收入；
2、非營利性醫療機構取得的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；
3、非營利性醫療機構取得非營利組織免稅資格認定后，對符合條件的非營利組織收入可以享受免稅收入的優惠政策（《財政部 國家稅務總局關于非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》（財稅[2009]122號）。具體范圍如下：
（1）接受其他單位或者個人捐贈的收入；
（2） 除《中華人民共和國企業所得稅法》第七條規定的財政撥款以外的其他政府補助收入，但不包括因政府購買服務取得的收入；
（3） 按照省級以上民政、財政部門規定收取的會費；
（4）不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入；
（5） 財政部、國家稅務總局規定的其他收入。
4、財政部、國家稅務總局規定的其他免稅收入。
醫療機構應將與上述免稅收入的有關文件資料和證明材料，報主管稅務機關核實備案。未經稅務機關備案的，一律不得享受免征企業所得稅優惠政策。
經認定為非營利組織的非營利性醫療機構除享受非營利組織企業所得稅稅收優惠外，還可以享受《企業所得稅法》及其實施條例等稅收規范性文件規定的其他稅收優惠政策。
有生產經營所得和其他所得的醫療機構，應按照《稅收征收管理法》等的規定，按期進行納稅申報并使用稅務發票，按規定可使用財政收據的除外。
案例：某非營利性醫療機構08年取得捐贈收入50萬元，財政撥款100萬元，房屋租賃收入30萬元，財產轉讓收入50萬元，培訓收入10萬元。以上各項收入哪些應作為應納稅所得額？
分析：非營利性醫療機構取得財稅[2009]122號文件規定的各項收入可以作為免稅收入不征營業稅。捐贈收入50萬元、財政撥款100萬元屬于此類，免征企業所得稅。
《企業所得稅法實施條例》第八十五條規定，企業所得稅法所稱符合條件的非營利組織的收入，不包括非營利組織從事營利性活動取得的收入，但國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。上述房屋租賃收入30萬元，財產轉讓收入50萬元，培訓收入10萬元屬于營利性活動取得的收入，應作為應納稅所得額。
五、個人所得稅
（一）個人經政府有關部門批準，取得執照，以門診部、診所、衛生所（室）、衛生院、醫院等醫療機構形式從事疾病診斷、治療及售藥等服務活動，應當以該醫療機構取得的所得，作為個人的應納稅所得，按照“個體工商戶的生產、經營所得”應稅項目繳納個人所得稅。
個人未經政府有關部門批準，自行連續從事醫療服務活動，不管是否有經營場所，其取得與醫療服務活動相關的所得，按照“個體工商戶的生產、經營所得”應稅項目繳納個人所得稅。
（二） 個人因在醫療機構（包括營利性醫療機構和非營利性醫療機構）任職而取得的所得，依據《個人所得稅法》的規定，應按照“工資、薪金所得”應稅項目計征個人所得稅。
鄉村衛生室（站）的醫務人員取得的所得，按照“工資、薪金所得”應稅項目繳納個人所得稅。
（三）受醫療機構臨時聘請坐堂門診及售藥，會診、主刀等，由該醫療機構支付報酬，或收入與該醫療機構按比例分成的人員，其取得的所得，按照“勞務報酬所得”應稅項目繳納個人所得稅，以一個月內取得的所得為一次，稅款由該醫療機構代扣代繳。（《國家稅務總局關于個人從事醫療服務活動征收個人所得稅問題的通知》國稅發[1997]178號）
常見問題解答
1、營利性醫療機構能否免征營業稅？
答：根據《中華人民共和國營業稅暫行條例》第八條規定，醫院、診所和其他醫療機構提供的醫療服務免征營業稅。
2、個人從非營利性醫療機構取得的收入，能否免征個人所得稅？
答：除《中華人民共和國個人所得稅法》第四條、第五條規定的減免稅項目外，個人從非營利性醫療機構取得的工資薪金、勞務報酬、利息股息紅利等所得均應按規定繳納個人所得稅，應分別按不同所得項目計算繳納個人所得稅，由支付所得的非營利醫療機構代扣代繳。
3、個人開辦醫院、診所如何征收個人所得稅？
答：個人投資或個人合伙投資開設醫院（診所）而取得的收入，應依據個人所得稅法規定，按照“個體工商戶的生產、經營所得”應稅項目計征個人所得稅。對殘疾人、轉業軍人、隨軍家屬和下崗職工等投資開設醫院（診所）而取得的收入，仍按現行相關政策執行。
