目前行政事業單位會計制度（下稱“《制度》”）不能完全滿足財政改革的需要，如何做好部門決算成為財務工作的難點。
三方面難以滿足改革需要
一是目前《制度》的收入、支出科目與財政部門預算、決算不符。
《制度》中的“事業支出”科目沒有分基本支出和項目支出，而部門決算要求與部門預算相對應，將支出分為基本支出和項目支出，完全按《制度》設置會計科目，無法達到部門決算報表的要求。
二是政府收支分類改革后，《制度》不能滿足決算報表按照支出功能分類與支出經濟分類的要求。要達到部門決算報表的要求，就要科學合理地設計會計科目。
三是行政事業單位會計人員素質有待提高。2000年起中央部門預算進行了改革，新政策較多。
有些行政事業單位財務人員沒有認真學習領會這些政策，導致會計確認錯誤，影響部門決算報表的準確性。目前《制度》的不完善也給財務人員填報報表帶來很大困難，比如會計差錯更正、調整年初數等，就沒有明確。
一步一步做決算
首先，按部門預算與部門決算的要求，在不違反《制度》的情況下設置會計科目。
各部門下一年度預算應于本年的8月上報財政部，財政部11月下達下一年度預算控制數。這時財務人員就可以按照預算控制數來設計下一年的會計科目，以保證決算報表的需要。
其次，做好年終清理、結賬和編制會計報表的準備工作。
第一，核對年度預算。
核對年度預算是年終清理結賬、做好決算報表的首要任務，包括核對財政撥款數、國庫集中支付預算執行情況對等。
第二，清理核對各項預算內外收支款項。
檢查本年各項收入是否都已入賬，往來賬里是否有掛賬現象，應繳預算收入是否已上繳國庫。
第三，清理往來業務款項。
各項應收應付的往來款年終前應盡量清理完畢。未清理完畢的要列出清單，準備結轉下年。
第四，清查貨幣資金和各項財務物資。
銀行存款余額要同銀行對賬單余額核對相符。庫存各類現金應盡可能于12月31日前存入銀行，使賬面與實際庫存年末為零。
下年年初數也為零，為下年的每日盤點現金提供方便。有價證券的賬面數字與實有數核對，使之相符。
各種財產物資年終是否已全部入賬，對固定資產進行清查盤點。如有差異，應查明原因，按規定進行賬務處理，做到賬賬、賬實相符。
第五，財務人員應按照規定，用紅字更正方法，對以前的會計差錯進行更正，以保證在結賬前收入類科目有借方發生額、支出類科目無貸方發生額，使會計余額表的累計發生額準確，充分利用結轉收入結余后的余額表，編制部門決算報表。會計基礎工作較好、電算化水平較高的部門可實現自動生成決算報表。
第六，做好結賬工作。
要做好年末結余的測算工作，保證各類款項結余數大于零。分清本單位的性質，按《制度》要求，行政單位所有結余不再進行分配，事業單位的基本支出進行分配，項目經費一般不進行分配。
最后，在正確結轉收入、支出、結余的基礎上編制決算報表。
先要查看有無需要調整年初數的情況。
例如中央主管部門要對所屬行政事業單位歷年住房改革支出預算撥款結余資金調劑使用。
所屬事業單位上交結余時：借：事業基金—— —一般基金（住房補貼結余）貸：銀行存款/零余額賬戶用款額度/財政應返還額度所屬事業單位收到結余時：借：銀行存款/零余額賬戶用款額度/財政應返還額度貸：事業基金—— —一般基金（住房補貼結余）此時應參照企業會計制度規定調整決算報表年初數，視同上年發生額處理。
再確定報表填報順序。
一套完整的決算報表一般有20多張，應在掌握報表間邏輯關系的基礎上，從“時點數”類報表開始填報，如《資產負債表》等；再填各種明細表，如《基本支出決算明細表》、《財政項目支出決算明細表》、《收入決算表》等；之后再填其他主表；最后填附表。報表通過報表軟件審核發現錯誤，要逐一分析原因，進行改正，直到審核通過。
