交通運輸企業實行機構所在地納稅政策，即不論在哪里承攬業務，都要在機構所在地納稅，這給交通運輸企業提供了一定的籌劃空間。本文對交通運輸企業可以利用的稅收優惠政策進行了梳理。
根據2007年海關總署公布的《海關保稅港區管理暫行辦法》的解釋，保稅港區是指經國務院批準，設立在國家對外開放的口岸港區和與之相連的特定區域內，具有口岸、物流、加工等功能的海關特殊監管區域。保稅港區內可以開展下列業務：保稅港區的存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續的貨物，對外貿易，包括國際轉口貿易，國際采購、分銷和配送，國際中轉，檢測和售后服務維修，商品展示，研發、加工、制造，港口作業，經海關批準的其他業務。
保稅港區按照海關“一線放開、二線管住、區內自由、入港退稅”的監管原則，實行全域封閉化、信息化、集約化的監管，并且做到進口貨物入港保稅、出口貨物入港退稅。由于保稅港區優惠政策多，目前，全國很多港口都升級成為保稅港區。截至2008年底，全國已經批復的保稅港區有（上海）洋山保稅港區等12個，已提出申請保稅港區的港口城市有丹東、營口、錦州等32個城市。
保稅港區享有的稅收優惠政策主要涉及營業稅、企業所得稅、關稅與進口環節稅、出口退（免）稅等。
營業稅優惠
《營業稅暫行條例》第十四條規定，納稅人提供應稅勞務應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報納稅。但是，納稅人提供的建筑業勞務以及國務院財政、稅務主管部門規定的其他應稅勞務，應當向應稅勞務發生地的主管稅務機關申報納稅。從該規定可以看出，交通運輸企業營業稅納稅地點是其機構所在地或者居住地，不是勞務發生地，不管在哪里發生了運輸勞務，都在其機構所在地或者居住地納稅。這就給交通運輸企業提供了一個籌劃思路，即哪里有營業稅免稅政策，就去哪里注冊。
財政部、國家稅務總局《關于上海建設國際金融和國際航運中心營業稅政策的通知》（財稅[2009]91號）規定，從2009年5月1日起，對注冊在（上海）洋山保稅港區內的納稅人從事海上國際航運業務、貨物運輸、倉儲裝卸、搬運業務取得的收入免征營業稅。由于（上海）洋山保稅港區最早出臺海上國際航運業務、貨物運輸免征營業稅政策，因此出現大量航運公司搬遷至（上海）洋山保稅港區的現象。例如，廣州市航運巨頭中遠航運股份公司就在（上海）洋山保稅港區設立了全資子公司。在這種情況下，其他港區面臨著很大的壓力。為此，財政部、國家稅務總局下發《關于國際運輸勞務免征營業稅的通知》（財稅[2010]8號），規定自2010年1月1日起，對中華人民共和國境內單位或者個人提供的國際運輸勞務免征營業稅。國際運輸勞務是指：1.在境內載運旅客或者貨物出境。2.在境外載運旅客或者貨物入境。3.在境外發生載運旅客或者貨物的行為。2010年1月1日至文到之日已征的應予免征的營業稅稅額，在納稅人以后的應納營業稅稅額中抵減或者予以退稅。財稅[2010]8號文件出臺后，全國港區的營業稅政策基本一致。
企業所得稅優惠
由于全國港區的營業稅政策已經基本一致，目前，一些保稅港區出于招商引資的需要，出臺了企業所得稅返還政策。因此，哪里的企業所得稅返還多，交通運輸企業就會搬遷到哪里。
企業需要注意的是，雖然財政部、國家稅務總局《關于執行〈企業會計準則〉有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2007]80號）規定，企業按照國務院財政、稅務主管部門有關文件規定，實際收到具有專門用途的先征后返所得稅稅款，按照會計準則規定應計入取得當期的利潤總額，暫不計入取得當期的應納稅所得額。但該文件是在舊稅法體系下產生的，《企業所得稅法》頒布后，該條款是否適用還有待明確。此外，財政部、國家稅務總局《關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》（財稅[2009]87號）規定，符合條件的企業所得稅返還，可以作為不征稅收入。
交通運輸業享受稅收優惠的注意事項
1.對稅收優惠要件進行規范。包括對實際主營項目是否為交通運輸行業，是否有交通運輸工具，是否為新辦交通運輸企業等。
2.對開具發票的真實性進行規范。主要集中在對發票真實性的檢查上，即是否存在真實的客戶、與運費相關的報價是否合理等。
3.對企業是否存在避稅行為進行規范。比如注意企業是否存在轉移利潤、取得關聯企業過高的運費或占用關聯企業資源不支付運費的情況。
與海路運輸企業轟轟烈烈搬遷到以上海洋山港為首的保稅港區不同，陸路運輸企業搬遷到西部地區，目前還沒有形成潮流。
民族自治地方的稅收優惠
《企業所得稅法》第二十九條規定，民族自治地方的自治機關對本民族自治地方的企業應繳納的企業所得稅中屬于地方分享的部分，可以決定減征或者免征。自治州、自治縣決定減征或者免征的，須報省、自治區、直轄市人民政府批準。《企業所得稅法實施條例》第九十四條規定，《企業所得稅法》第二十九條所稱民族自治地方，是指按照《中華人民共和國民族區域自治法》的規定，實行民族區域自治的自治區、自治州、自治縣。對民族自治地方內國家限制和禁止行業的企業，不得減征或者免征企業所得稅。
財政部、國家稅務總局《關于貫徹落實國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策有關問題的通知》（財稅[2008]21號）第三條規定，根據《企業所得稅法》第二十九條有關“民族自治地方的自治機關對本民族自治地方的企業應繳納的企業所得稅中屬于地方分享的部分，可以決定減征或者免征”的規定，對2008年1月1日后民族自治地方批準享受減免稅的企業，一律按《企業所得稅法》第二十九條的規定執行，即對民族自治地方的企業減免企業所得稅，僅限于減免企業所得稅中屬于地方分享的部分，不得減免屬于中央分享的部分。民族自治地方在新稅法實施前已經按照財政部、國家稅務總局、海關總署《關于西部大開發稅收優惠政策問題的通知》（財稅[2001]202號）有關減免稅規定批準享受減免企業所得稅（包括減免中央分享企業所得稅的部分）的，自2008年1月1日起計算，對減免稅期限在5年（含5年）以內的，繼續執行至期滿后停止；對減免稅期限超過5年的，從第6年起按《企業所得稅法》第二十九條規定執行。
也就是說，民族自治地方對企業所得稅地方分成的40%有減免權，如果地方行使這一權力，交通運輸企業的實際稅率水平就會降至15%.這無疑對交通運輸企業有很大的吸引力。
西部地區交通運輸業稅收優惠
在今年的7月，中共中央、國務院在北京召開西部大開發工作會議。會議確定了西部大開發今后10年的發展目標，并指出，繼續對西部地區給予稅收優惠扶持。今后10年，對西部地區屬于國家鼓勵類產業的企業，繼續減按15%稅率征收企業所得稅，對煤炭、原油、天然氣等資源稅由從量征收改為從價征收。
由此看來，國家對西部地區的優惠會繼續執行。在此之前，原西部地區還有對新辦交通企業的稅收優惠政策。
財稅[2001]202號文件規定，2001年1月1日起，對在西部地區新辦交通且項目業務收入占企業總收入70%以上的，可以享受企業所得稅如下優惠政策：內資企業自開始生產經營之日起，第一年至第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅；外商投資企業經營期在10年以上的，自獲利年度起，第一年至第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。新辦交通企業，是指投資新辦從事公路、鐵路、航空、港口、碼頭運營和管道運輸的企業。西部地區包括重慶市、四川省、貴州省、云南省、西藏自治區、陜西省、甘肅省、寧夏回族自治區、青海省、新疆維吾爾自治區、新疆生產建設兵團、內蒙古自治區和廣西壯族自治區（上述地區以下統稱“西部地區”）。湖南省湘西土家族苗族自治州、湖北省恩施土家族苗族自治州、吉林省延邊朝鮮族自治州，可以比照西部地區的稅收優惠政策執行。
需要注意的是，國家稅務總局《關于執行西部大開發稅收優惠政策有關問題的批復》（國稅函[2009]411號）明確指出，財稅[2001]202號文件第二條第三款規定的新辦交通企業，是指投資新辦從事公路、鐵路、航空、港口、碼頭運營和管道運輸的企業中的交通企業，即是指投資于上述設施建設項目并運營該項目取得經營收入的企業。
減稅政策的繼續實施，將會吸引更多外交通運輸企業來西部進行投資。
流轉稅的混合銷售政策有重大變化
財政部、國家稅務總局《關于增值稅、營業稅若干政策規定的通知》（財稅字[1994]26號）第四條第二項規定，即“從事運輸業務的單位與個人，發生銷售貨物并負責運輸所售貨物的混合銷售行為，征收增值稅”的規定已經被財政部、國家稅務總局《關于公布若干廢止和失效的營業稅規范性文件的通知》（財稅[2009]61號）規定自2009年1月1日失效。
根據《營業稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令2008年第52號）第六條規定，一項銷售行為如果既涉及應稅勞務又涉及貨物，為混合銷售行為。除本細則第七條的規定外，從事貨物的生產、批發或者零售的企業、企業性單位和個體工商戶的混合銷售行為，視為銷售貨物，不繳納營業稅；其他單位和個人的混合銷售行為，視為提供應稅勞務，繳納營業稅。《營業稅暫行條例實施細則》第二十八條規定，本細則自2009年1月1日起施行。因此，自2009年1月1日起，從事運輸業務的單位與個人，發生銷售貨物并負責運輸所售貨物的混合銷售行為，視為提供應稅勞務，繳納營業稅。
運輸業務混合銷售行為從繳納增值稅變為繳納營業稅，稅負下降了許多，運輸企業將大有可為。
