審計機關對國家建設項目實施跟蹤審計由來以久。實踐表明，跟蹤審計有利于及時糾正和改進有關問題，提高審計監督效能。由于各地對跟蹤審計的認識不同，采取的審計方法也各異。有的審計人員參與工程管理和決策，有的審計小組參加工程招標的制定和審查，有的審計機關直接辦理工程預算和決算。這些工作看似審計的事前監督，實際是審計行為的一種“越位”，看似審計效果不錯，實際審計風險很大。從審計理論上講，審計是一個獨立的監督行為，也就是說審計首先應獨立于經濟管理活動之外，然后對經濟活動進行審計監督，審計如果參與了經濟管理活動，不僅失去了審計的獨立性，而且也失去了審計監督的基本職能，既當“裁判員”又當“運動員”，監督也就無從談起。從審計實踐上講，首先，審計不是包打天下的“萬能者”，不能替代專業主管部門的職責，存在著行政執法范圍上的風險；其次，審計人員由于專業水平、實踐經驗等方面的限制，他所參與決策和發表意見是否正確值得思考，但在管理活動中卻代表了審計部門的意見，這將承擔工程管理連帶責任和廉政建設風險；再次，審計小組在具體審計事務上主要依靠社會中介組織的專業人員，而這些人員又代表審計部門執法，審計部門在業務上又無法控制執業人員，這樣所作出的審計結果存在著審計質量風險。
既要充分發揮優勢建設項目跟蹤審計的優勢，又要切實防范各種審計風險，關鍵要正確處理好以下幾個方面的關系：
一、要處理好監督與建議的關系。監督是審計的基本職能，建設項目跟蹤審計要立足于審計監督，通過監督發現問題，針對審計查出的問題提改進的建議。在審計工作中，應采取“審前段改后段”的方法，也就是說要將建設項目按建設情況，合理劃分幾個時段，定期跟蹤審計，形成階段性的審計報告，并向建設單位通報情況，提出改進的建議，要求有關被審計單位在后期工程建設中加以糾正。
二、要處理好參加與參與的關系。審計部門對建設項目實施跟蹤審計，一般情況下，建設單位往往會要求審計部門參加工程建設的重要事項和重要會議。對此，審計人員應當積極參加，其目的就是更好地了解工程情況，為審計工作提供詳實的一手資料，以提高審計時效。但參加并不等于參與，大家知道，審計行為是一個組織行為，審計的決定和意見是以審計機關的名義出現，任何審計人員不能代表審計發表建議和意見，因此對于工程管理的具體事項，審計人員只是“傍觀”和“知情”，不應作為決策者列入，不應發表與審計無關的意見，不應對某項決策簽字劃押、舉手表決。否則就擺錯了審計位置，背離了審計監督的根本。
三、要處理好審計與中介的關系。在建設項目跟蹤審計中，往往要聘請社會中介組織的專業人員參加。在處理審計機關和社會中介組織的關系上，應當注意：一是社會中介組織受聘于審計機關，代表著審計機關實施專業審計監督，并由審計機關承擔最終的行政執法責任，應當服從和服務于審計機關的監督和管理；二是社會中介組織可按審計工作的要求可對建設項目的預算和決算進行審計，但決不能參與工程預算的制定和工程決算的編制；三是中介組織的審計結果向審計機關報告，替審計機關負責，并納入審計機關的審計報告和決定；四是審計機關聘請社會中介組織，按“誰委托誰付費”的原則，社會中介組織的服務費應當由審計機關支付。
四、要處理好建設與施工的關系。建設項目跟蹤審計的對象是建設管理單位，同時也可以對施工等單位進行審計調查，對于這兩種不同范圍的審計應當有一個明晰的劃分。一是要嚴格審計程序。建設單位與施工單位不是所屬關系，在法律上是平等的合作關系，對不同的法人主體，無論是審計或者是審計調查，都必須履行完整的審計手續，不能用一個審計通知替代所有的審計對象；二是審計調查應著手于施工等單位，著力于建設單位，應圍繞建設單位的管理來開展。通過審計調查發現問題，佐證管理單位不規范的管理行為和違紀違規問題。三是在對建設單位違紀違規問題處理時，有時會涉及到施工等單位的經濟利益，如工程決算的審計，這就需要在審計中征求施工等單位的意見，有效地保障第三者的合法權益。
