財政部對現行《醫院會計制度》進行了全面修訂，征求意見稿在2009年8月正式出臺。征求意見稿在很多方面實現重大突破，同時存在局限性細節問題。
一、醫院會計制度存在問題
第一，會計科目設置不足。（1）會計科目未設立“短期投資”、“應付票據”。（2）未規定計提資產減值準備。因醫院在經營過程中所購置的各種物資（庫存物資、藥品、固定資產）均按歷史成本計價，隨市場價格而波動，各種物資存放在醫院的減值風險增大。由于醫療行業的特殊性，完全實行“零庫存”不現實，而不計提資產減值準備既不符合核算為管理服務的要求，也不符合會計核算謹慎性的原則。
第二，部分科目核算方法定義不合理，實務操作中存在困惑。
（1）庫存物資中高值耗材的定義不明確。為了加強對高值耗材的管理，新制度要求對高值耗材專設二級科目核算，但如何對高值耗材定義并未明確規定。（2）年末計提壞賬準備不合理。新制度規定醫院應當定期或至少于每年年度終了，對預計可能產生的壞賬損失計提壞賬準備。如在年末計提壞賬準備，會造成年末當月管理費用增大，不能真實反映每月的費用支出情況。（3）應收在院病人醫療款核算問題。大部分醫院采用信息化管理系統來管理在院病人發生的各項費用，住院收費管理系統中已有每個在院病人的醫療費用情況。從理論上講，給在院病人醫療款核算奠定了基礎。但如果財務部門對具體每個在院病人設置明細賬核算，勢必造成財務人員工作量加大。實際上醫院的財務部門只需對在院病人費用實行總額控制，定期核對即可。（4）固定資產定義標準不完善。從醫院的資產管理情況看，大部分醫院對價值低于固定資產定義標準但使用超過一年的設備并未進行有效管理，如小型空調、冰箱、微波爐等。（5）部分會計科目容易造成混淆。“基建工程”和“在建工程”的定義：制度征求稿中，區分基建工程和在建工程中建筑工程的依據為資金來源是否為“基本建設項目資金”，該種依據區分資產類別的方法認為資產類別與資金來源存在必然聯系。而實際上醫院的建設項目資金來源由多種途徑取得，如專項撥款、流動資金、借款等。如按此區分，不僅限制資金管理和合理使用，也可能導致科目混淆；“其他業務收人”和“其他收入”的定義：制度采用列舉法區分兩者的定義，而在實務操作中，該方法區分易造成混淆和遺漏。制度規定對接受的捐贈全部納入“其他收入”科目進行核算，但對于指定用途的捐贈具體處理辦法尚未明確；“待處理財產損溢”科目的定義中包括固定資產的毀損，與“固定資產清理”科目定義矛盾；另外“其他應收款”科目定義中的“暫付款項”與“預付賬款”科目定義也不易明確區分。
第三，部分業務事項處理不合理。（1）對于“基建撥款”和限制性捐贈作為收入類項目，期末將該類科目的貸方余額轉入“本期盈余”不合理。因為該類盈余并非醫院的經營性補助收入或經營性收入，而是國家投入或限制性捐贈的資本。這樣會導致盈余虛增，不能真實反映其損益情況。（2）預算信息業務核算不規范。制度征求稿規定醫院應當設置預算會計科目，按照與預算一致的基礎和口徑，與財務會計科目平行登記的處理方法，記錄預算執行信息。但這樣處理違反《會計法》有關規定，原因在于該處理并無原始憑證作附件，實務操作中增大了會計處理工作量。
第四，會計報表體系內容不足。醫療收入費用明細表反映醫療成本項目較籠統，無具體明細列示，不利于醫院管理層從會計報表中掌握更多財務信息。且表中“無形資產攤銷費”按新制度規定應記人“管理費用”科目中而不應在此表醫療成本中反映；另外對醫院主體及所屬分支機構會計報表合并事宜未做出規范；對特殊項目如債務重組、會計政策和會計估計變更、醫院的合并與分立、資產負債表日后事項等會計賬務處理也未做出規定。
二、醫院會計制度改革建議
第一，增設部分醫院會計科目。如根據實際需要設置“短期投資”、“應付票據”、“資產減值準備”等科目。
第二，規范科目定義描述。如高值耗材應進行明確定義，這樣有利于加強高值耗材管理，便于醫院按高值耗材的物價政策收費。切實維護醫患雙方的合法權益，降低醫療成本；“待處理財產損溢”及“固定資產清理”科目的內涵應規范；對于“固定資產”科目可使用《企業會計準則2006》中定義，更加合理也利于資產的管理。
第三，政策規定要明確。對短期投資、銀行匯票、基本建設項目資金、指定用途的捐贈等問題應給予明確規定。
第四，規范部分業務事項處理，便于實際業務可操作的需要。對“基建撥款”和限制性捐贈業務，從醫院管理角度出發，在凈資產中核算更為合適，可直接作為國家投入或專項捐贈所形成的基金處理；新制度對預算執行信息要求按照提供的預算會計科目進行記錄，建議由會計軟件自動歸集處理，醫院只需提供預算收支表；對壞賬準備應每月按實際應收醫療費和其他應收款預提，年末調整，多減少補，以保證醫院經營效益的準確性；其他業務收入和其他收入建議合并為同一科目。
第五，完善會計制表體系的內容。財務報告必須全面反映醫院整體財務狀況。不僅為醫院管理者，也要為醫院外部等有關方面提供各種所需要的財務信息。醫院是個經濟實體，除了一定量的財政補助外，其運行方式與企業類同，企業遇到的特殊經濟事項醫院也同樣遇到，因而醫院應參照企業的有關規定進行相關的賬務處理。如醫院在編制合并會計報表時可參照企業合并會計報表的規定來操作。
第六，對新舊制度轉換及配套的財務管理辦法應盡快出臺實施細則。如固定資產凈值與累計折舊在新舊制度接軌時的確定等。
