目前，隨著會計集中核算制的單位規模不斷擴大，財務管理和核算日趨規范，但通過審計發現的一些問題值得關注。
一是核算中心與單位部門之間溝通不夠。核算中心在進行一些業務處理時，也未與單位進行溝通，導致財務核算出現問題；二是核算中心對各單位業務性質不完全了解，難以掌握業務支出的途徑。由于各單位的業務性質不同，專項業務費支出渠道多樣，核算中心對各基層單位安排的業務工作、臨時性等業務工作情況不十分清楚，容易出現科目錯記等現象；三是固定資產管理脫節。在實行集中核算后，由于賬務核算和實物管理由不同職能部門分別負責，易出現賬簿遺失，賬實不符等問題，且無法分清責任。
對此審計建議：一是要加強會計集中核算部門與各單位之間的溝通和協調關系，發現問題及時協調解決，保證會計集中核算工作的有序開展；二是完善內審機構職能，建立健全內部監督體制，加強對重點資金、專項資金的審計監督；三是完善固定資產監督管理體制，協調各部門做好資產清查盤點工作。
