一、 關于公立醫院定位的分析
因為會計是組織經濟交易行為的反映，所以可以說公立醫院的定位分析是制定會計制度的基礎，
從未來的發展分析，公立醫院仍然應確定為具有相對獨立運營權的經濟實體，國家不可能參與醫院的日常運營和管理，只可通過政策法規規范醫院的行為，如藥品和設備的集中采購、藥品的售價、單病種價格限制等，參與醫院的本身管理，只可能導致效率低下，成本猛增。
二、會計科目的設置是否意味限制公立醫院的經濟行為
1、會計科目未設立“短期投資”，是否意味醫院不可以利用閑置資金進行投資風險低流動性高的金融產品如國債；實際情況是許多公立大型醫院有非常高的貨幣資金，如筆者所在的城市，最高達1億多元，但如果公立醫院進行此類活動，如何核算？
2、 會計科目未設立“應付票據”，是否意味醫院不可以利用票據進行經營活動，現實的情況是，擴張的大型醫院存在通過開具票據緩解資金壓力的情況。
三、部分科目核算方法或定義的不合理
1、藥品采用個別計價法核算是否可行
盡管現在大部分醫院采用了計算機系統來管理藥品，從理論上來講，給藥品采用實際成本法核算奠定了基礎，但藥品的發出采用個別計價法來核算，如果要求對具體的每個藥品的發出采用該方法，勢必造成發藥效率低下，因為同一種藥的生產批次不同，價格可能不同，同次發藥可能發出了不同批次，因此，建議采用藥品采購實際成本法計量，每種藥品的計量應采用移動平均法進行計量。
2、長期投資采用成本法核算
首先，疑問是醫院是否可以對外進行股權投資，從未來的發展方向分析，我認為醫院可以投資成立與自身業務緊密聯系的公司，但應禁止投資辦理其他業務，如許多醫院存在投資辦理后勤服務公司、衛生服務部等，對該服務類公司從管理的角度，采用權益法核算更加合理，采用成本法核算可能導致投資損失而不知道等情況。另外，應禁止長期投資債權行為。
3、 固定資產以2000元標準定義不妥
制度征求稿中定義：“固定資產是指醫院持有的預計使用年限超過1年、單位價值在2000元以上、在使用過程中基本保持原有物質形態的有形資產?！睂τ诠潭ㄙY產不限定其價值，就本人審核醫院的資產管理情況分析，發現大部分醫院對低于標準但使用超過一年的設備未進行有效管理，如冰箱、微波爐、飲水機等，建議使用《企業會計準則》中的定義，更加合理和利于管理。
4、基建工程和在建工程的定義
制度征求稿中，區分基建工程和在建工程中建筑工程的依據為資金來源是否為“基本建設項目資金”，該種依據資金來源區分資產類別的方法顯然認為資產類別與資金來源的存在必然聯系，實際上，醫院的建設項目資金來源也是多種途徑，如流動資金、借款、捐贈等等，如果按此區分，不僅限制資金管理和使用，也可能導致科目混淆。
另外，如何定義“基本建設項目資金”，是依據何部門的文件，必將導致更多的概念混亂。
5、其他業務收入和其他收入的定義
制度征求稿中，采用了列舉法進行區分兩者的定義，現實業務活動中，靠該方法定義必定造成遺漏，從字面理解，也容易造成混淆，建議合并為同一科目。
四、經濟交易行為處理的不合理
1、對于“基建撥款”和限制性捐贈的處理作為收入類項目不合理
對于“基建撥款”作為收入類項目，應是站在醫院非獨立經濟實體的角度來定義，另外，該科目發生額年末轉入“累計盈余”更加不敢茍同，因為，該盈余并非醫院的經營性補助收入或經營性收入，而是國家投入的資本，虛增了盈余，掩蓋了管理低下，從管理醫院的角度出發，在凈資產核算更加合適，可直接作為國家投入基金。
2、關于預算業務的核算
制度征求稿中，定義了預算會計，并規定“本方法下，醫院應當設置如下預算會計科目，按照與預算相一致的基礎和口徑，與財務會計科目平行登記”，創造性地將管理會計與財務會計進行糅合，但筆者實在不能認同，該處理的違反了《會計法》，原因在于該處理并無原始憑證的支出，另外，也增大了會計處理的業務量，容易造成業務處理混亂。
五、其他問題
對于混合所有制醫院，如何進行資本投入、資本回報等業務如何處理，現實中已經存在，應積極考慮
