企業改組改制涉及許多稅收政策，有的還相當復雜，由于對相關稅收政策的理解不同，一些企業有時會以稅收籌劃的名義有意或無意地規避納稅義務。
為支持企業改組改制的順利進行，國家在稅收上給予了一定的鼓勵政策。如，《國家稅務總局關于印發〈營業稅稅目注釋〉（試行稿）的通知》（國稅發〔1993〕149號）規定：以無形資產或不動產投資入股，參與接受投資方利潤分配、共同承擔投資風險的行為，不征收營業稅。但轉讓該項股權，應按規定征收營業稅。對此，從轉讓投資實物產權的納稅時間規定看，營業稅顯然延后于增值稅。還有，《國家稅務總局關于企業改組改制過程中個人取得的量化資產征收個人所得稅問題的通知》（國稅發〔2000〕60號）規定，對職工個人以股份形式取得的擁有所有權的企業量化資產，暫緩征收個人所得稅；待個人將股份轉讓時，按“財產轉讓所得”項目的規定計征個人所得稅。但由于從以無形資產、不動產投資入股到轉讓該投資股權或職工個人從取得量化資產到將股份轉讓的時間跨度可能較長，甚至有的家族式企業無名義上的轉讓關系，于是在長期經營過程中，一旦企業資不抵債而解散或破產，這筆量化資產的所屬稅款也就隨之消失，國家相對承擔了企業經營不善的稅收風險。
《財政部、國家稅務總局關于企業改制重組若干契稅政策的通知》（財稅〔2003〕184號）規定，對企業合并、分立中按規定承受的土地、房屋權屬免征或不征契稅。按照《國家稅務總局關于轉讓企業產權不征營業稅問題的批復》（國稅函〔2002〕165號）文件規定，“轉讓企業產權的行為不應征收營業稅”，企業合并、兼并、分立過程中發生的土地使用權、不動產所有權的轉移行為，不征收營業稅。因此，有的企業惡意使用國家支持企業改革的稅收政策，采取合合分分等方式，實現資產產權的無稅轉移。
在實務中，還有的企業常常借改組改制之機虛增成本費用。如有些企業的優良資產被分割、隱匿后，往往虛增賬面現有資產的歷史價值，或者虛構資產的性能狀況，一方面在處置不良資產或非正常損失資產中，通過賬務處理和向有關部門報批予以核銷，并在稅前扣除；另一方面對存量資產遵循歷史成本原則計提的折舊或攤銷的成本費用，無疑加大了稅前扣除額，降低企業利潤或應納稅所得額。
實際上，在現行的稅收優惠體系中，有很多是針對企業改組改制的優惠，但這些優惠有時往往會被一些企業不正當使用。如有些企業在現行所得稅制規定的許多新辦企業減免稅政策誘惑下，大量內外資企業利用各種手段，不斷變換企業名稱，以達到長期不納稅的目的。盡管稅法對新辦企業的條件作出了規定，但對新辦企業的定義與公司法的規定不一致，在實際工作中很難界定新辦企業的范圍，使得對新辦企業的認定容易出現糾紛。
