我國從2001年開始國庫集中收付制度的改革，改革的目標是：建立以國庫單一賬戶體系為基礎、資金繳撥以國庫集中收付為主要形式的國庫管理制度。制度的實施改變了過去傳統體制下財政資金收繳和撥付方式，有效的規范了財政收支行為；加強了財政資金的管理，提高了財政資金的運用效率；強化了預算的約束力，大大的提高了資金運用的透明度；增強了財政資金的控制和統一調度，為實施財政政策和管理提供了可靠的資金運行保障。財政國庫改革使審計面臨了新的情況，審計人員如何從改革角度出發，力求與改革同步，達到“雙贏”，既能使審計人員更好的履行職責，又能促進改革實現預期的目標。筆者認為審計人員應從以下方面開展工作。
一、審查改革基礎，促進改革實現目標
現代國庫管理制度改革指出，建立和完善國庫單一賬戶體系工作為改革的基礎工作。基礎不牢，改革很難或無法實現其目標。因此，審計人員應重點審查國庫單一賬戶體系是否按有關文件規定建立，包括財政部門在人民銀行開設國庫單一賬戶、財政部門在商業銀行開設的用于直接支付的財政零余額賬戶、財政部門在商業銀行開設的用于預算外資金日常收支清算的預算外資金財政專戶、財政部門為預算單位開設的用于授權支出的預算單位零余額賬戶。同時還應注意下面三個：一是預算單位是否按照改革方案清理和取消了原有的基本賬戶。二是預算單位由于歷年撥款結余以及其他資金保留了基本賬戶的，是否存在通過基本賬戶將資金從體系之內轉到體系之外逃避支付系統的監控預算執行的現象。三是財政零余額賬戶和預算單位零余額賬戶在每天清算結束后余額是否為零，財政資金的日常結余是否都保留在國庫單一賬戶和預算外資金專戶中。
二、審查改革配套辦法，確保改革順利進行
實行財政國庫管理制度改革，是對財政資金的賬戶設置和收支繳撥方式的重大變革，是一項十分龐大和復雜的系統工程。只有切實做好配套工作，才能確保改革順利進行。以下就部門預算編制、支付系統和清算系統這兩方面談談審計人員應關注的問題。
1、審計部門預算編制情況。部門預算決定著預算單位的財務活動范圍和方向，也是國庫集中收付的依據。部門預算編制是否合理、客觀，即部門預算的可行性如何，直接預算法案的立法質量，也決定著國庫集中收付的效果。因此，審計部門預算編制是否合理、客觀、清晰尤為重要。財政部門將人大會批準的預算批復給各部門，這個部門預算就是預算執行審計的主要依據。預算執行始于各部門、單位的預算編制，結束于各部門、單位的預算執行。審計人員直接對預算編制過程中的編制依據、進行審計，能夠更全面完整的認識和部門、單位的預算執行情況，并能發現問題是出在哪個環節，有針對性地向財政部門和各預算執行部門提出規范各個環節預算管理，提高財政資金運用效益的意見和建議，真正提高預算執行審計工作層次和水平。
2、審計財政支付信息系統和現代化清算系統建立和運行情況。財政支付信息系統是運用現代化計算機連接財政部門、人民銀行、預算單位、代理銀行，實現向有關各方提供實時的預算指標信息、用款計劃信息、支付指令信息。現代化清算系統在預算單位發生支付時能實時提供人民銀行國庫單一賬戶與財政零余額賬戶及預算單位零余額賬戶的資金清算。只有建立健全財政支付信息系統和現代化清算系統，才能使各類財政資金在國庫單一賬戶體系內高效、安全運行。審計人員在審計過程中對于財政支付信息系統和現代化清算系統沒有建立或不是完全建立，不利于推進國庫集中收付改革，可以向財政部門提出加快支付系統和清算系統建設建議。
三、審查改革，推進改革快速
財政國庫集中收付改革主要內容包括建立單一國庫賬戶體系、規范收入繳納程序和規范支出撥付程序。而對財政資金收入、支出和結余的審計是審計的主方向，主旋律。實施財政國庫集中收付制度改革后，審計監督國庫集中收付資金的真實性、合法性、程序性，能有效地促使改革快速、穩定發展。
1、對財政資金收入的審計。收入是各預算單位活動的資金來源，審計人員要嚴格審查各項收入的合法性、合規性，才能有效提高預算執行審計工作的質量和效果。首先要審查各級財政、稅務和其他征收機關預算內外收入繳庫方式、程序是否合規；其次要審查預算收入是否進入國庫單一賬戶，有無違規進入過渡戶或通過私設賬戶、“小金庫”截留、挪用財政收入等違規、違紀情況；最后要審查未納入預算管理的行政事業性收費、其他一些預算外收入是否按照規定上繳財政專戶，是否坐支收入，有沒有按照“收支兩條線”管理。
2、對財政資金支出的審計。國庫集中收付制度按支付方式的不同將財政資金支付分為財政直接支付和財政授權支付。財政直接支付是由預算單位提出申請，經財政部門審核后，將財政資金通過國庫單一賬戶體系的有關賬戶支付給收款人。這種方式使“管錢”和“用錢”單位完全分離，財政資金支付運用全過程在國庫集中支付系統監控之下，有效地提高了財政資金運用的安全性和規范性，降低了違紀違規的機會。但是一些問題會更加隱蔽，審計人員應注重縱深審計，沿著財政資金走向，對各個環節進行審計，應追溯到財政資金的最終受益者和商品、勞務提供者。審查合同的合法性，落實支出是否真實，密切注意有無與預算單位共同串通舞弊、套取財政資金的問題，這樣才能有效監督財政資金支出的合法、合規。財政授權支付是由預算單位根據財政部門授權，自行開具支付令，通過國庫單一賬戶體系的有關賬戶，將財政資金支付到收款人。在這種支付方式下，審計人員應該注意預算單位有無擅自改變財政預算內資金的用途或運用性質，向本單位其他賬戶、上級主管單位、所屬下級預算單位賬戶劃撥資金；是否存在違規提取現金，套取財政資金的現象。
另外，在具體審計過程中應注意以下兩點：一是審查預算單位是否按照年初人大批準的部門預算作為用款計劃申請的依據，追加和調整預算是否符合規定。二是財政部門在業務流程中指標審核、計劃審核（包括正常計劃和調整計劃）、直接支付審核、授權支付審核、支出日報審核和審核六項審核操作是否規范、有無流于形式。
3、對年終結余的審計。實行國庫集中收付后，對于試點預算單位年終結余資金的處理，地方財政部門是按照財政部about《地方財政實施財政國庫管理制度改革年終預算結余資金會計處理的暫行規定》等文件的規定，將納入國庫集中收付的預算單位當年尚未用完的預算指標結余列支出和暫存款，到第二年預算單位根據《財政授權支付額度恢復到賬通知書》繼續運用結余資金。這種“權責發生制”的會計處理辦法與現行的預算法和財政總預算會計制度規定的“收付實現制”相悖。但這樣處理更能真實反映財政決算。因此，審計人員在審計過程中應防止財政部門將這會計處理辦法作為財政決算的“調節器”，財政決算赤字就少結轉一部分支出，少列支出；財政決算有結余就多結轉支出，多列支出。
