為了與新的稅收征管法相配套，２００２年９月國務院公布了新的《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》（以下簡稱“新《實施細則》”）。新《實施細則》已從２００２年１０月１５日起實行。與原《實施細則》相比，新《實施細則》的規定更詳細更全面。尤其在加強稅收征管、稅源監控、稅務登記制度、關聯企業交易界定和稅收系統信息化建設等方面，新《實施細則》增加了一些條款，具體概括如下：
１、為適應信息時代的需要，要求加強稅務系統的信息化建設。新《實施細則》中規定：國家稅務總局負責制定全國稅務系統信息化建設的總體規劃、技術標準、技術方案與實施辦法；各級稅務機關應當按照國家稅務總局的總體規劃、技術標準、技術方案與實施辦法，做好本地區稅務系統信息化建設的具體工作。地方各級人民政府應當積極支持稅務系統信息化建設，并組織有關部門實現相關信息共享。同時規定國家稅務局、地方稅務局對同一納稅人的稅務登記應當采用同一代碼，實現信息共享。在納稅申報中，新《實施細則》規定納稅人、扣繳義務人可以采取稅務機關確定的電話語音、電子數據交換和網絡傳輸等電子方式辦理納稅申報。
２、為加強稅源監控，強化了與工商管理機關、財政機關和審計機關等部門的聯系；強化了銀行等金融機構的監督職責；積極鼓勵群眾依法監督稅收征管工作。新《實施細則》規定各級工商行政管理機關應當向同級國家稅務局和地方稅務局定期通報辦理開業、變更、注銷登記以及吊銷營業執照的情況。同時規定審計機關、財政機關依法進行審計、檢查時，對稅務機關的稅收違法行為作出的決定，稅務機關應當執行；發現被審計、檢查單位有稅收違法行為的，向被審計、檢查單位下達決定、意見書，責成被審計、檢查單位向稅務機關繳納應當繳納的稅款、滯納金。
稅務機關應當根據有關機關的決定、意見書，依照稅收法律、行政法規的規定，將應收的稅款、滯納金按照國家規定的稅收征收管理范圍和稅款入庫預算級次繳入國庫。
有關銀行等金融機構的監督職責規定：銀行和其他金融機構未依照稅收征管法的規定在從事生產、經營的納稅人的賬戶中登錄稅務登記證件號碼，或者未按規定在稅務登記證件中登錄從事生產、經營的納稅人的賬戶賬號的，由稅務機關責令其限期改正，并處２千元以上２萬元以下的罰款；情節嚴重的，處２萬元以上５萬元以下的罰款。為鼓勵群眾對稅收征管工作的監督，規定稅務機關根據檢舉人的貢獻大小給予相應的獎勵，獎勵所需資金列入稅務部門年度預算，單項核定。
３、為嚴格稅務登記制度，新《實施細則》不僅規定“從事生產、經營的納稅人應當自領取營業執照之日起３０日內，向生產、經營地或者納稅義務發生地的主管稅務機關申報辦理稅務登記，如實填寫稅務登記表，并按照稅務機關的要求提供有關證件、資料”，還規定了納稅人在辦理“開立銀行賬戶；申請減稅、免稅、退稅；申請辦理延期申報、延期繳納稅款；領購發票；申請開具外出經營活動稅收管理證明；辦理停業、歇業以及其他有關稅務事項”時，必須持稅務登記證件辦理。稅務機關對稅務登記證件實行定期驗證和換證制度。納稅人應當在規定的期限內持有關證件到主管稅務機關辦理驗證或者換證手續。納稅人未按照規定辦理稅務登記證件驗證或者換證手續的，由稅務機關責令限期改正，處２千元以下的罰款；情節嚴重的，處２千元以上１萬元以下的罰款。
４、為防止關聯企業發生非法避稅行為，新《實施細則》不僅詳細闡明了關聯企業的定義為“有下列關系之一的公司、企業和其他經濟組織，即《稅收征管法》所稱的關聯企業：一是在資金、經營、購銷等方面，存在直接或者間接的擁有或者控制關系；二是直接或者間接地同為第三者所擁有或者控制；三是在利益上具有相關聯的其他關系”，還規定“納稅人有義務就其與關聯企業之間的業務往來，向當地稅務機關提供有關的價格、費用標準等資料”。對關聯企業之間發生的以非法避稅為目的的非正常的業務往來和資金往來，稅務機關可以按照有關規定調整其計稅收入額或者所得額。
新《實施細則》還規定，納稅人與其關聯企業之間的業務往來有下列情形之一的，稅務機關可以調整其應納稅額：一是購銷業務未按照獨立企業之間的業務往來作價；二是融通資金所支付或者收取的利息超過或者低于沒有關聯關系的企業之間所能同意的數額，或者利率超過或者低于同類業務的正常利率；三是提供勞務未按照獨立企業之間業務往來收取或者支付勞務費用；四是轉讓財產、提供財產使用權等業務往來未按照獨立企業之間業務往來作價或者收取、支付費用；五是未按照獨立企業之間業務往來作價的其他情形。對于調整關聯企業應納稅額的具體措施，新《實施細則》提供了四種計算方法：即按照獨立企業之間進行的相同或者類似業務活動的價格計算；按照再銷售給無關聯關系的第三者的價格所應取得的收入和利潤水平計算；按照成本加合理的費用和利潤計算；按照其他合理的方法計算。對納稅人與其關聯企業未按照獨立企業之間的業務往來支付價款、費用的，稅務機關自該業務往來發生的納稅年度起３年內進行調整；有特殊情況的，可以自該業務往來發生的納稅年度起１０年內進行調整。
５、為保護納稅人權益，改變過去單純強調納稅人義務，強調為納稅人服務，強調誠信原則，大力提倡誠信納稅。新《實施細則》規定稅務機關要為納稅人、扣繳義務人的商業秘密及個人隱私保密。稅務機關對單價５千元以下的其他生活用品，不采取稅收保全措施和強制執行措施。
納稅人有下列情形之一的：因不可抗力導致納稅人發生較大損失，正常生產經營活動受到較大影響的；當期貨幣資金在扣除應付職工工資、社會保險費后，不足以繳納稅款的，經省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局批準，可以延期繳納稅款。在稅務檢查中，稅務機關應當建立科學的檢查制度，統籌安排檢查工作，嚴格控制對納稅人、扣繳義務人的檢查次數。在誠信納稅方面，新《實施細則》規定縣級以上各級稅務機關應當將納稅人的欠稅情況，在辦稅場所或者廣播、電視、報紙、期刊、網絡等媒體上定期公告。同時規定稅務機關負責納稅人納稅信譽等級評定工作。
６。為使稅務機關能夠自我約束和受到廣泛的社會監督，將公平、公開、公正的理念貫徹到具體稅收執法行為中，新《實施細則》規定上級稅務機關發現下級稅務機關的稅收違法行為，應當及時予以糾正，下級稅務機關應當按照上級稅務機關的決定及時加以改正；下級稅務機關發現上級稅務機關的稅收違法行為，應當向上級稅務機關或者有關部門報告。同時規定稅務人員在核定應納稅額、調整稅收定額、進行稅務檢查、實施稅務行政處罰、辦理稅務行政復議時，與納稅人、扣繳義務人或者其法定代表人、直接責任人，有夫妻關系、直系血親關系、三代以內旁系血親關系、近姻親關系，可能影響公正執法的其他利害關系時應當回避。在稅款征收中，規定稅務機關不得占壓、挪用、截留，不得繳入國庫以外或者國家規定的稅款賬戶以外的任何賬戶。在稅務檢查中，規定稅務機關應當制定合理的稅務稽查工作規程，負責選案、檢查、審理，執行人員的職責應當明確，并要相互分離、相互制約，規范選案程序和檢查行為。
